Le manchot du Cap est monogame et la plupart des couples restent ensemble leur vie durant. Le nid est aménagé dans un terrier, dans un trou à l’abri sous un buisson ou sous un rocher pour protéger les oeufs des prédateurs et des fortes chaleurs.
 
Pendant le premier mois après l'éclosion des oeufs, les adultes se relaient constamment auprès du jeune pour le nourrir, lui fournir une chaleur suffisante et le protéger. Ensuite ils partent s'alimenter en mer simultanément, tandis que les petits manchots sont gardés en "crèche".

Les jeunes perdent leur duvet entre l’âge de 2 et 4 mois. Ils sont nourris tant qu’ils restent dans la colonie et tant que leurs parents n’entrent pas en mue. Lorsque les jeunes sont totalement emplumés, ils partent en mer pendant 1 à 2 ans, puis intègrent leur colonie natale ou une nouvelle colonie pour se reproduire. C’est à ce moment là qu’ils prennent leur plumage définitif d’adulte, même s’ils continueront à muer chaque année.
 
Au début des années 2000, on ne comptait plus que 150000 manchots du Cap, soit moins de 10% de la population originelle (estimée à 1,5 millions d’individus en 1900). Aujourd’hui, seuls 52 000 individus matures subsistent encore le long des côtes de la Namibie et de l’Afrique du Sud.

Pendant la 1ère moitié du 20ème siècle, la chute dramatique des effectifs fut provoquée par la collecte des œufs et du guano (alors utilisé comme engrais). La suppression de cette couche protectrice privait les manchots de terriers, les obligeant à nicher à découvert et les rendant plus vulnérables à la chaleur et aux prédateurs.

Aujourd’hui les menaces principales sont la pollution (marées noires et dégazages sauvages), la surpêche qui réduit les ressources alimentaires disponibles, la compétition avec les otaries pour les espaces de reproduction et la nourriture. Enfin, les manchots sont sensibles à certaines maladies ou parasites qui provoquent la chute brutale des effectifs.
 
Manchot ou pingouin, quelles différences ? 
Ils n’appartiennent pas à la même famille et le pingouin vole contrairement au manchot. Le manchot vit dans l’hémisphère sud tandis que le pingouin évolue dans l’hémisphère nord.